Szlak wodny
Jeziora Mazurskie wokół Mikołajek
Jezioro Mikołajskie - serce miasta - jest polodowcowym zbiornikiem rynnowym, wąskim i długim jak wenecki kanał. Połączone przesmykami z jeziorami Tałty, Bełdany i Śniardwy tworzy wielki akwen będący centralnym węzłem Szlaku Wielkich Jezior Mazurskich.
Jezioro Śniardwy, zaledwie kilka kilometrów od Mikołajek, jest największym jeziorem Polski - rozległe wody z licznymi wyspami i charakterystycznym, często zdradliwym wiatrem. To obowiązkowy punkt każdego mazurskiego rejsu.
Wokół jeziora Mikołajskiego skupia się cała portowa infrastruktura miasta. Port Żeglugi Mazurskiej stoi bezpośrednio przy promenadzie, a żaglówki stanowią tu nie turystyczny dodatek, lecz integralną część miejskiego życia przez całe lato.
Wyjątkowym miejscem przyrodniczym jest rezerwat Łuknajno - jezioro tuż za miastem, dom największej populacji dzikich łabędzi niemych w Polsce. Wpisane na listę rezerwatów biosfery UNESCO.
Jezioro Bełdany, najgłębsze w całym systemie WJM (do 46 m), to ulubiony akwen żeglarzy szukających spokoju - mniej ruchu turystycznego niż na Mikołajskim czy Śniardwach, a przy tym malownicze zatoczki idealne do nocnego kotwiczenia. Z kolei Tałty, leżące na północ od miasta, oferują liczne wyspy i dogodne miejsca cumownicze dla mniejszych jednostek.